Григорьев Ф.В. Расчет энергии Гиббса образования межмолекулярных комплексов методом термодинамического интегрирования с использованием гармонических ограничений на движение атомов // Вычислительные методы и программирование. 2012. том 13. с. 391-397.

Предложен новый способ построения термодинамического цикла для расчета энергии Гиббса образования межмолекулярных комплексов методом термодинамического интегрирования с использованием гармонических ограничений, накладываемых на координаты атомов. Траектория, по которой ведется интегрирование, получена методом молекулярной динамики с использованием силового поля MMFF94 для расчета потенциальной энергии межатомного взаимодействия. Показано, что предложенный способ построения термодинамического цикла обеспечивает корректный учет потенциала, обеспечивающего гармонические ограничения, а также минимизирует флуктуации потенциальной энергии комплекса при промежуточных значениях переменной интегрирования. С использованием предложенного подхода проведены расчеты энергии Гиббса для комплекса бензол-циклодекстрин.

Ключевые слова: термодинамическое интегрирование, свободная энергия образования комплексов, константа связывания, термодинамический цикл

Текст: http://num-meth.srcc.msu.ru/zhurnal/tom_2012/pdf/v13r143.pdf